11月27日，重庆解放在即，国民党反动派逃跑前，对囚禁在白公馆、渣滓洞等监狱的革命者进行了疯狂的大规模屠杀，制造了震惊中外的屠杀中共党员和爱国民主人士的重庆“11·27大屠杀”，有300余人遇害。

国民政府迁都重庆后，1938年，国民政府军事委员会调查统计局（简称军统局）也由武汉迁重庆，先是在城内择地办公，后因受日机轰炸的影响，特别是1939年的“五三、五四”重庆大轰炸，城区精华付之一炬，国民政府及所属各机关纷纷向郊外迁移，军统局也以“军事委员会战地服务团”的名义，在重庆西北郊歌乐山下缫丝厂附近征占民地，建立军统局乡下办事处。1941年7月，军统局本部迁至缫丝厂办公。

1943年4月15日，中美双方签订关于建立“中美特种技术合作所”的协定，其主要内容为：中美两国为早日战胜共同的敌人，愿意进行有关对日作战情报的交换与心理作战宣传，以及在敌占区进行游击破坏等方面的合作。并规定对日作战一旦胜利，中美合作所即告结束。